運輸功能不同。首先，解釋一下整車運輸的概念，是指不使用集裝箱，將貨物直接堆放、加固在車輛或掛車之上進行國際運輸，此類運輸的優勢在于吊裝、拆卸方便，對于大件、單件體積較重的貨物運輸友好，但缺點顯而易見，只能針對裸裝貨物，對于有包裝且不能裸露在外的貨物，無法加固的貨物不太適合，鍋爐、商品車、工程機械車輛、電動三輪車及露天用設備等特別適合整車運輸；其次，整柜指使用標準集裝箱進行貨物運輸，優點是對各類貨物的運輸安全有保證，不會被外界環境影響，但對拆裝條件有剛性要求，比如裝箱或拆箱時使用正面吊機落地，如不落地則無法作業等，因此，兩類方式在運輸功能上存在區別。

換裝流程不同。在中烏國際汽運專線中，兩者存在不同的換裝方式，整車和整柜貨物都可以在工廠直接裝車，但前者需要在口岸倉庫進行換裝，或者需要將貨物吊裝到倉庫后等待境外車輛到達后再進行換裝運輸；而整柜在門點裝箱后可以直接從口岸過境運輸，轉關過程也不涉及到拆裝內部貨物，只需將整柜整體吊裝即可完成轉關，前者換裝時沒有集裝箱的保護容易對貨物產生損壞，而后者不容易發生貨物破損。

運輸成本不同。由于使用了不同的運輸車輛，國內段和國外段運輸成本會有差別，而整柜運輸涉及到集裝箱的使用，無論是買箱，還是租箱，都會產生成本，并在裝箱和拆箱時需要人力或機械作業，因地區不同，成本也不同；在看整車運輸在吊裝和換裝時都需要機械作業，涉及到吊裝設備和場地成本，因此，兩者在運輸成本上還要看貨物的具體類型進行計算，不存在使用整箱就便宜，使用整車成本就會變高的顧慮。

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